home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00300 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  59 lines
  1. ********************************
  2. * GATA-type zinc finger domain *
  3. ********************************
  4.  
  5. The GATA family of transcription factors are proteins  that bind  to DNA sites
  6. with the consensus sequence (A/T)GATA(A/G), found within the regulatory region
  7. of a number of genes. Proteins currently known to belong to this family are:
  8.  
  9.  - GATA-1 [1] (also known as Eryf1, GF-1 or NF-E1),  which  binds  to the GATA
  10.    region of globin genes and other genes expressed in erythroid cells.  It is
  11.    a transcriptional  activator  which   probably serves as a general 'switch'
  12.    factor for erythroid development.
  13.  - GATA-2 [2], a transcriptional activator which  regulates  endothelin-1 gene
  14.    expression in endothelial cells.
  15.  - GATA-3 [3], a transcriptional activator which  binds to the enhancer of the
  16.    T-cell receptor alpha and delta genes.
  17.  - Caenorhabditis elegans  elt-1 [4], a  transcriptional  activator  of  genes
  18.    containing the GATA region, including vitellogenin genes.
  19.  
  20. All these transcription factors contain a pair of highly similar 'zinc finger'
  21. type domains with the consensus sequence C-x2-C-x17-C-x2-C.
  22.  
  23. Some other proteins contain a single zinc finger motif highly related to those
  24. of the GATA transcription factors. These proteins are:
  25.  
  26.  - Emericella nidulans areA [5], a  transcriptional  activator  which mediates
  27.    nitrogen metabolite repression.
  28.  - Neurospora crassa nit-2 [6], a transcriptional activator which turns on the
  29.    expression of genes coding for enzymes required for the use of a variety of
  30.    secondary nitrogen sources, during conditions of nitrogen limitation.
  31.  - Saccharomyces cerevisiae DAL81 (or UGA43), a  negative  nitrogen regulatory
  32.    protein.
  33.  - Saccharomyces cerevisiae GLN3, a positive nitrogen regulatory protein.
  34.  
  35. -Consensus pattern: C-x-N-C-x(4)-T-x-L-W-R-R-x(3)-G-x(3)-C-N-A-C
  36.                     [The four C's are zinc ligands]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39.  
  40. -Expert(s) to contact by email: Boguski M.S.
  41.                                 boguski@ncbi.nlm.nih.gov
  42.  
  43. -Last update: October 1993 / Text revised.
  44.  
  45. [ 1] Trainor C.D., Evans T., Felsenfeld G., Boguski M.S.
  46.      Nature 343:92-96(1990).
  47. [ 2] Lee M.E., Temizer D.T., Clifford J.A., Quertermous T.
  48.      J. Biol. Chem. 266:16188-16192(1991).
  49. [ 3] Ho I.-C., Vorhees P., Marin N., Oakley B.K., Tsai S.-F., Orkin S.H.,
  50.      Leiden J.M.
  51.      EMBO J. 10:1187-1192(1991).
  52. [ 4] Spieth J., Shim Y.H., Lea K., Conrad R., Blumenthal T.
  53.      Mol. Cell. Biol. 11:4651-4659(1991).
  54. [ 5] Arst H.N. Jr., Kudla B., Martinez-Rossi N.M., Caddick M.X., Sibley S.,
  55.      Davies R.W.,
  56.      Trends Genet. 5:291-291(1989).
  57. [ 6] Fu Y.-H., Marzluf G.A.
  58.      Mol. Cell. Biol. 10:1056-1065(1990).
  59.